Paperiresepti on säilytettävä sähköisen reseptin ohella.

Todellakaan kaikkia valmisteita ei voi E-reseptille kirjoittaa. Tästä kärsisiväterityisesti ne, joilla vakuutus korvaisi vaikkkapa maitohappobakteerit antibioottikuurin aikana.
Potilas itse ei tiedä mitä lääkkeitä on vielä saamatta ja mitä pitää uusia.
E-reseptistä potilas maksaa lisäkorvausta JOKA lääkkeestä. Tästä on oltu aika hiljaa...
Rahastuksen makua.
Monikaan sairaala tms. Ei anna paperista tositetta lääkkeestä ja lähtiessä ei tiedä mitä on kirjoitettu. Paperireseptin moni käy läpi vastaanotolla ja viimeistään siinä kohdassa voi tulla vielä esiin se ettei lääke jostakin syystä sovi.
E-reseptin uusinnassa resepti uusitaan muunkin kuin hoitavan lääkärin toimesta. Ulkopuolinen lääkäri ei tiedä esimerkiksi nielemisvaikeuksista tai siitä, että potilaan ravintoletkuun sopiii vain tietty valmiste. Kun apteekissa tätä oikoo, niin potilaalle tulee lisäkustannuksia. Jos ehtii lunastaa väärän lääkkeen, niin apteekki ei korvaa eli ota takaisin käyttämätöntä lääkettä ja pahimmassa tapauksessa kolmen kuukauden kelakorvauskin on menetetty ja kustannukset tulevat potilaalle kohtuuttoman suureksi.